醫管局獲政府批出指定撥款作培訓用途，從而提升醫護人員的專業水平，以配合香港兒童醫院投入服務。院方一直因應服務需要，籌辦不同類型的培訓活動，例如：

• 派員到海外知名醫療機構考察及接受訓練
• 委聘海外及本地專家主講培訓課程
• 資助員工參加本地專業培訓課程
• 安排在職培訓及臨床單位間的輪調

本院同時身為香港大學和香港中文大學醫學院的臨床教學場地。醫科生有機會參與病童的診治及個案討論，累積實戰臨床經驗和學習溝通技巧。本院的獨特複雜兒科病例更為他們提供實用的學習體驗。

本院設有模擬培訓中心，配備完善醫療與影音器材，為全港醫護人員提供兒科相關模擬培訓，提升專業水平。