香港兒童醫院作為第三層專科轉介中心，集中處理嚴重、複雜、不常見，及需要跨專科治理的兒科病症；而地區醫院的兒科部門則主要負責第二層、緊急及社區護理服務。在這軸輻模式下，兩者共同建立一個協調連貫的兒科網絡。透過集中罕見複雜病例、醫療專才與先進儀器於本院，有助累積臨床經驗、促進副專科發展及劃一治療標準，提升整體服務水平。這裡列舉了本院各專科落實軸輻模式的情況，及為各地區醫院提供的支援。

心臟科

• 進行所有兒童心臟手術、複雜心導管介入治療、電生理檢查及治療、體外膜氧合器及心室輔助器治療
• 於聯合、將軍澳、廣華、屯門及瑪麗醫院提供會診

心胸外科

• 兒童開胸及非開胸心臟手術及胸肺手術
• 兒童體外膜氧合器及心室輔助器

醫學遺傳科

• 為所有年齡層提供遺傳學及基因組學服務
• 香港基因組計劃的夥伴中心

重症治療運送科

• 運送病人往來地區醫院深切治療部與本院

內分泌科

• 與地區醫院為糖尿病童提供共同護理及自我管理計劃
• 於根德公爵夫人兒童醫院提供聯合骨科門診

腸胃科

• 與地區醫院結成網絡，處理炎症性腸病及複雜腸胃病
• 腸功能衰竭與營養支援計劃
• 兒童內窺鏡計劃

血液及腫瘤科

• 治療惡性血液疾病、實體腫瘤及造血幹細胞移植的中心
• 為瑪麗、威爾斯、伊利沙伯、屯門、廣華及東區醫院提供血液科門診服務

先天性新陳代謝科

• 治理來自全港性初生嬰兒代謝病篩查計劃的個案及其他轉介

新生兒科

• 與全新界及九龍的醫院（廣華醫院除外）結成網絡，治療有外科問題的初生嬰兒
• 治理來自全港性初生嬰兒代謝病及嚴重複合型免疫缺乏症篩查計劃的個案
• 治理集中於本院各專科的初生嬰兒，及提供唇顎裂跨專科治療

腎科

• 處理複雜或慢性腎病、透析、腎移植及腎臟替代療法的中心
• 為地區醫院提供諮詢支援

腦神經科

• 治理複雜難治性腦癇症、神經肌肉、腦神經代謝、腦神經退化性疾病及運動障礙病
• 支援地區醫院有診斷困難及需專科治療的個案

神經外科

• 進行公立醫院大部分的兒童腦腫瘤手術

小兒外科

• 全新界及大部份九龍的小兒外科手術均由本院團隊提供，包括24小時緊急／創傷手術、預約手術、專科門診及住院服務

兒童深切治療部

• 第四層副專科服務（如腫瘤科、腎科及心胸外科）
• 協助接收一般急症個案以紓緩地區醫院深切治療部壓力

風濕及免疫科

• 治療複雜自體免疫疾病及免疫功能失調的第三層中心
• 統籌全港性初生嬰兒嚴重複合型免疫缺乏症篩查
• 造血幹細胞移植中心，治療先天性免疫缺陷

專職醫療

• 為集中於本院的個案提供綜合治療和復康服務

麻醉科

• 為集中於本院的個案提供24小時手術室服務
• 為高風險個案提供鎮靜服務

病理學部

• 提供全港性檢測服務（例子參看此）
• 為所有癌症及罕見遺傳病病童提供表型和基因檢測
• 設網上平台，供全港跨專科團隊討論異常胎兒結構個案

藥劑部

• 建立兒童不常見病的中央藥物庫存
• 統籌引入兒童友善的藥物劑型

放射科

• 與廣華醫院互相支援介入放射及候召服務
• 為伊利沙伯醫院病童撰寫磁力共振及電腦掃描報告

牙科及口腔頜面外科

皮膚科

眼科

骨腫瘤科

耳鼻喉科

紓緩治療科

呼吸科