香港儿童医院作为第三层专科转介中心，集中处理严重、复杂、不常见，及需要跨专科治理的儿科病症；而地区医院的儿科部门则主要负责第二层、紧急及社区护理服务。在这轴辐模式下，两者共同建立一个协调连贯的儿科网络。透过集中罕见复杂病例、医疗专才与先进仪器于本院，有助累积临床经验、促进副专科发展及划一治疗标准，提升整体服务水平。这里列举了本院各专科落实轴辐模式的情况，及为各地区医院提供的支援。

心脏科

• 进行所有儿童心脏手术、复杂心导管介入治疗、电生理检查及治疗、体外膜氧合器及心室辅助器治疗
• 于联合、将军澳、广华、屯门及玛丽医院提供会诊

心胸外科

• 儿童开胸及非开胸心脏手术及胸肺手术
• 儿童体外膜氧合器及心室辅助器

医学遗传科

• 为所有年龄层提供遗传学及基因组学服务
• 香港基因组计划的伙伴中心

重症治疗运送科

• 运送病人往来地区医院深切治疗部与本院

内分泌科

• 与地区医院为糖尿病童提供共同护理及自我管理计划
• 于根德公爵夫人儿童医院提供联合骨科门诊

肠胃科

• 与地区医院结成网络，处理炎症性肠病及复杂肠胃病
• 肠功能衰竭与营养支援计划
• 儿童内窥镜计划

血液及肿瘤科

• 治疗恶性血液疾病、实体肿瘤及造血干细胞移植的中心
• 为玛丽、威尔斯、伊利沙伯、屯门、广华及东区医院提供血液科门诊服务

先天性新陈代谢科

• 治理来自全港性初生婴儿代谢病筛查计划的个案及其他转介

新生儿科

• 与全新界及九龙的医院（广华医院除外）结成网络，治疗有外科问题的初生婴儿
• 治理来自全港性初生婴儿代谢病及严重复合型免疫缺乏症筛查计划的个案
• 治理集中于本院各专科的初生婴儿，及提供唇颚裂跨专科治疗

肾科

• 处理复杂或慢性肾病、透析、肾移植及肾脏替代疗法的中心
• 为地区医院提供咨询支援

脑神经科

• 治理复杂难治性脑痫症、神经肌肉、脑神经代谢、脑神经退化性疾病及运动障碍病
• 支援地区医院有诊断困难及需专科治疗的个案

神经外科

• 进行公立医院大部分的儿童脑肿瘤手术

小儿外科

• 全新界及大部份九龙的小儿外科手术均由本院团队提供，包括24小时紧急／创伤手术、预约手术、专科门诊及住院服务

儿童深切治疗部

• 第四层副专科服务（如肿瘤科、肾科及心胸外科）
• 协助接收一般急症个案以纾缓地区医院深切治疗部压力

风湿及免疫科

• 治疗复杂自体免疫疾病及免疫功能失调的第三层中心
• 统筹全港性初生婴儿严重复合型免疫缺乏症筛查
• 造血干细胞移植中心，治疗先天性免疫缺陷

专职医疗

• 为集中于本院的个案提供综合治疗和复康服务

麻醉科

• 为集中于本院的个案提供24小时手术室服务
• 为高风险个案提供镇静服务

病理学部

• 提供全港性检测服务（例子参看此）
• 为所有癌症及罕见遗传病病童提供表型和基因检测
• 设网上平台，供全港跨专科团队讨论异常胎儿结构个案

药剂部

• 建立儿童不常见病的中央药物库存
• 统筹引入儿童友善的药物剂型

放射科

• 与广华医院互相支援介入放射及候召服务
• 为伊利沙伯医院病童撰写磁力共振及电脑扫描报告

牙科及口腔颌面外科

皮肤科

眼科

骨肿瘤科

耳鼻喉科

纾缓治疗科

呼吸科