医管局获政府批出指定拨款作培训用途，从而提升医护人员的专业水平，以配合香港儿童医院投入服务。院方一直因应服务需要，筹办不同类型的培训活动，例如：

• 派员到海外知名医疗机构考察及接受训练
• 委聘海外及本地专家主讲培训课程
• 资助员工参加本地专业培训课程
• 安排在职培训及临床单位间的轮调

本院同时身为香港大学和香港中文大学医学院的临床教学场地。医科生有机会参与病童的诊治及个案讨论，累积实战临床经验和学习沟通技巧。本院的独特复杂儿科病例更为他们提供实用的学习体验。

本院设有模拟培训中心，配备完善医疗与影音器材，为全港医护人员提供儿科相关模拟培训，提升专业水平。